天子震怒，后果非同凡响，那些等着朝廷赏赐的南直隶和浙江都司的将领顿时倒了大霉，被宣德帝撤职查办，军阁在宣德帝的御命下开始追查此起事件存在的怠战和畏战等事情，后来又一股脑地牵扯了一大批武官出来，震动了江南军界。
为了清除一直困扰大明沿海的倭患，宣德帝召集了军阁阁员、内阁阁员和六部尚书前来议事，准备对倭寇进行大力打击，以确保大明东南沿海的安全。
李云天虽然不是军阁阁员，可宣德帝在结束与鞑靼、瓦剌的战争后下了一道御命，让李云天“权军阁事”，这意味着李云天虽不是军阁阁员但拥有军阁阁员一样的权力。
本来，以李云天所立下的功绩和他在军中的威望完全能够担任军阁的阁员，不过如此一来李云天就要放弃讲武堂的职务，因为按照规定军阁的阁员不能统兵。
宣德帝既想让李云天进军阁参与军务大事，同时又想让李云天继续给大明练兵，故而就想了一个折中的办法，那就是给了李云天一个加衔“权军阁事”。
反正天下间的事情都由宣德帝说了算，既然宣德帝说如此办理此事可行，那么朝廷里自然没人再多言。
宣德九年十月上旬，乾清宫，东暖阁。
李云天首次以“权军阁事”的身份参与了大明这次最高等级的廷议，商议清剿为祸沿海的倭寇的相关事宜。
不过，李云天的心思并没有放在廷议上，而是神色担忧地望着坐在暖榻上不停咳嗽、神色憔悴的宣德帝。
近一年来宣德帝的健康很不好，不仅咳嗽的次数增加而且也越来越剧烈，根据李云天得到的消息宣德帝现在每天都会咳出血来，而太医却束手无策，只能对宣德帝的龙体进行全力调养。
在李云天看来，如果宣德帝的病情无法得到有效抑制的话，那么后果不堪设想，大明将进入一个非常微妙的时期，毕竟太子现在才七岁而已，根本无法承担起执掌大明的重任，届时就会发生很多意想不到的事情。
在张辅和杨士奇、蹇义等人看来，如果要清除大明沿海的倭患，那么就必须要扫荡了倭寇在海上的据点，使得倭寇无法远航。
倭寇的据点有日本的对马岛、壹岐、平户岛和五岛列岛，以及大琉球、小琉球、琼州，再加上大明和朝鲜王国近海的一些岛屿。
值得一提的是，前期的倭寇是以日本海盗为主，主要活动范围为臣服于元朝的高丽王国的海域。
这是因为高丽国的军队在元世祖忽必烈两次征讨日本的行动中对日本的对马、壹岐、松浦和五岛列岛等地的居民进行了屠杀，因此前期倭寇以这些地区的幸存者为主要力量，对高丽沿海进行含有报复式的掠夺和杀戮行为。
这样做，一方面可以夺回被高丽军俘虏回国的岛民，另一方面也可以掠夺高丽王国的粮食以弥补因高丽军的破坏而变得更加羸弱的农业。
因为这个原因，后来的朝鲜王国在史料中将对马岛、壹岐岛和平户岛上的日本人称为“三岛倭寇”。
也就是说，这个时期倭寇的产生是为了报复高丽王国。
随著大明与日本间勘合贸易的盛行，以及对马岛与后来的朝鲜王国之间开放了贸易，前期倭寇也逐渐式微。
后期的倭寇指的是靖难之役后袭扰大明沿海的海盗，由日本人和沿海那些因为海禁而失去生计的大明百姓所组成。
这个时期的倭寇首领有日本浪人，也有日本大名扶持的代理人，还有大明的武装船主，有着各自的活动区域。
因此，为了剿灭那些倭寇大明要做的就是攻占倭寇们赖以生存的岛屿，迫使倭寇无法在海上续航，以确保大明海域的安全。
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