集结兵力之前，孙传芳闻听到李伯阳在芜湖整编军队，他仔细考虑后，决定吸取在江西失败的教训，对联军部队进行整编，取消臃肿的方面军、军级编制，将联军整编为方便调度指挥的13个师和4个独立混成的旅，全军兵力近20万人，表面上恢复了联军的声势。
11月底，何应钦率领的北伐军东路军势如破竹的占领福建省会福州，周萌人率残军退向浙江边境。
到此时，孙传芳的五省联军名义上只剩下江浙两省以及皖北半个省，而陈调元明里暗里与北伐军沟通，江苏也被他送给奉军，实际上真正属于他的地盘只剩下了浙江一个省，而浙江却面临皖南、安徽、福建三个方向的北伐军进攻。
孙传芳自觉很难抵御北伐军接下来对浙江的进攻，急电张作霖派兵南下支援，张作霖没有食言，派张宗昌的直鲁联军南下增援，鲁军第4、第5、第6各军延津浦路进抵徐州、蚌埠；第7、第11两军向安庆、合肥集结；第8军渡过长江，开进了苏州、上海，渤海舰队也直驶吴淞；第107师进驻了南京；
鲁军的大举南下，为孙传芳增添了底气，他深知想要与北伐军争夺浙江，必须剪除芜湖对南京的威胁，在张宗昌抵达南京的当日，他便召集联军和鲁军的所有将领，讨论对新一军的战事。
张宗昌早就想报徐州的一箭之仇，在会上拍桌子叫嚣道：“这一次进攻新一军的事就交给我们鲁军了，馨帅你的兵还是防备北伐军入浙吧。”
孙传芳对鲁军的战力再清楚不过，别看鲁军有几个军，可真摆开了和李伯阳打，绝对是必败无疑，连忙道：“李伯阳是咱俩的仇人，报仇的话不能独让鲁军打，我们联军也该出出力，要我说咱们两家合打李伯阳，效坤你来做司令。”
张宗昌大喜，不客气的担任了攻皖军总司令，孙传芳任副司令，会议上决定由鲁军出两个军、联军出三个师，共同进攻芜湖。
……
第一军整编之后，李伯阳本欲对南京发起牵制进攻，可12月间关于迁都的争议急速扩大，致使出兵浙江的暂搁，他不敢冒然以偏师和孙传芳开战。
12月2日在南昌庐山会议上，蒋介石一改态度，以“政治与军事发展方便起见”为由，提议改迁都武汉为暂都南昌，未被参与会议的苏联顾问鲍罗廷、宋美龄、孙科、徐谦、宋子文等人同意，会议结束后，蒋介石与广州迁来的国民政府从南昌沿南浔路抵达九江，随后乘船去往武汉。
在武汉，国民政府已经开始忌惮蒋介石可能的军事独裁，不仅在联席会议上组织委员会限制他北伐军总司令的权力，而且在会上毫不留情的点名批评他有搞独裁、专治的倾向。
蒋介石大为恼怒，蓄意把张静江、谭延闿等人从广州接到南昌，还截留了部分取道江西去武汉的国民党中央执监委员和国民政府委员，于在次年1月在南昌召开了中央政府会议第六次临时会议，决定中央党部和国民政府暂都南昌，并否定了武汉国民政府，只将其作为南昌政府的一个分会。
就在武汉、南昌大打嘴仗之际，汉口租界和九江租界陆续从英国人手里收回。
迁都之争隐然使武汉、南昌对立起来，而围绕支持哪一方，北伐军各军的态度不一，作为蒋介石的嫡系，李伯阳第一时间发电武汉，以安徽党部主席和新一军军长的身份支持暂都南昌，并号召继续北伐。
争论中，国民政府对于继续北伐的认识还是相同的，军事上依旧服从蒋介石这个总司令的领导，于1月初在南昌召开了军事会议，指定了进军长江下游的作战计划：由新一军牵制江南的孙军主力，其他个陆军先取沪杭，再会师南京。
具体将北伐军分为三个方向军。
东路军，总指挥何应钦，前敌总指挥白崇禧，从福建北上进攻江浙。
中央军，总指挥蒋介石，下分江左、江右、赣北三路军，江左军由李宗仁为总指挥攻略皖北，江右军由李伯阳为总指挥进攻南京，赣北军以程潜为总指挥进攻浙西南。
西路军，总指挥唐生智，应对河南方向的直军。
……
孙传芳要动手的消息经陈仪传给李伯阳，李伯阳刚接到配合东路军进攻浙江的命令，决定先下手为强，趁直鲁军没有集结，以新一师为主力，从当涂出江宁镇，进攻南京当面，以新二师89旅出溧水，威胁南京侧翼，并牵制宜兴方向的联军。
1月17日，第一师88旅抵达南京外围朱门镇，与卢军第107师发生遭遇战，双方从上午十时激战战至下午三时，期间孙传芳派出刘凤图第6师参与战团，被89旅截击，战至下午五时，鲁军第107师伤亡惨重，渐有不支，不及通知刘凤图师便放弃阵地后撤。
第107师撤退后，第88旅分出一团追击，另外两团奔袭绕后刘凤图师后路进行夹击合围，刘凤图师大败，全师大多被围歼，只有不到两个营的兵力从缺口冲出，逃入了歪头山。
大胜之后，第一师继续前进，兵锋直逼谷里镇，从谷里镇往南京雨花台只有五十里，南京震动。
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