另外剩下节省下来的资金，于孝天也不准挪为它用，而是尽数投入到黄淮地区那些常年容易泛滥的河流的河道整修方面，特别是黄河和淮河两条大河，更是投入巨资治理的主要目标。
历史上黄河多次改道，给黄河下游黄淮一带的人民带来了无尽的灾难，黄河多沙容易淤积河道，造成下游经常决口，也就是万历年间有大臣潘季驯极力治黄，才算是把黄河下游河道稳定了下来。
但是到了天启崇祯年间之后，国事日乱，财政捉襟见肘，加之官员贪鄙之风盛行，使得朝廷根本无力也无能对黄淮泛滥区进行综合治理。
现如今于孝天取消漕运，节省下来大笔资金，便干脆一股脑投入到了黄淮流域河道治理之中，正好老百姓也很穷，于孝天选派了一批精干的官员，专司奔赴各地进行治河工程，而且命令不得随意征发民众，可以以工代赈的方式，来招募闲散灾民，以给粮给钱的方式，来对河道进行修缮施工。
以工代赈的办法，给老百姓带来了实惠，这时候民间尚有许多百姓没有被安定住，这些流动的灾民，随时都可能会给社会带来不安定因素，一旦被有心人蛊惑或者牵头带领，就可能闹出大乱。
而以工代赈的办法，则将大批流动的灾民给吸引到了治河工程之中，朝廷给工程拨发钱粮，抑或是发钱抑或是给粮，来换取流民出工出力，对各处经常泛滥的河道进行加固修缮，在工程结束之后，还负责给这些百姓安置土地住处将其固定下来，使其有田可种，有家可归，从根本上解决流动灾民无处安置的问题。
于孝天印象特别深刻的就是李自成三打开封，后来掘开黄河水淹开封城的事情，现如今李自成已经覆灭，开封暂时安全了，但是开封旁边的黄河却依旧如同选在开封府、归德府一带百姓头上的一把利刃一般，随时都可能会出现决口泛滥。
所以于孝天特令工部，加强洛阳下游黄河河段两岸大堤的修葺工作，并且派出都察院的监察御史到各地治河工地上进行暗查，对于治河工程进行严格的财务审查，确保投入的钱粮能真正用到治河工程上面，而不会被那些官吏们给中饱私囊。
为此也着实抓住了一些贪官污吏的脏手，于孝天也不杀他们，查实之后，命人将其双手活活剁掉，却不让他们死，就把他们吊在治河工地上，受风吹雨打，供人参观，以此来震慑那些接替他们的官吏们，使之不敢再伸出脏手去治河的钱粮之中贪墨。
整个崇祯十四年间，大明全国各地都进入到了一个相对安定的状态，虽然是不是还是有不少地方会出现小规模的骚乱或者民变，但是规模却都不算大，很快便被各地派驻的于家军扑灭。
而随着于家军把触角伸到了全国各地之后，各地的旧式军队也逐步开始被于家军所取代，大批以前的明军卸甲归田，脱去了世代兵户的身份，成为了正儿八经的农民，划给了他们土地，让他们安置下来进行耕作。
这也使得大明减少了许多冗兵冗员，减少了朝廷的财政负担，但是这样对就是官军的裁撤，也遭到了不少大明军将的强烈抵制和反弹，许多地方的军将得知自己的兵马要被裁撤，而他们马上就会变成光杆司令，于是当然不肯轻易就范。
一些拥兵较多的军将，干脆就率兵谋叛，攻打周边的州府县城，大掠地方，强行裹挟民壮入军给他们充当炮灰。
其中闹得最厉害的就算是驻守襄阳府一带的大将左良玉，这家伙在另一个历史时空之中，就不是个好鸟，这个时空之中，照样还是老德行，在湖广一带拥兵自重，经常不听调遣，为祸一方百姓。
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