但这毕竟是中国历史上首次进行的跨海开疆扩土的殖民作战，尽管战争本身的难度并不大，但面临的环境却要比琉球、日本战争都要复杂得多，不仅有西班牙殖民者，当地土著，天主教会的传教士，甚至可能连荷兰人，葡萄牙人都有可能来搀和一脚，另外还有战后的收尾善后工作，对土著，传教士，西班牙人的处理，保持中华军在菲律宾的统治，以及继续维持菲律宾群岛的贸易繁荣等事务，战争仅仅只是其中的一部份。
因此这次出战，让海军部的成钢、黄震谁带队，商毅也都不放心，只有自己亲自出马，给他们作一个示范，等有了这一次作战的经验之后，以后的战斗，也就可以放心的交给他们了。
不过这个理由沒法对内阁的四名成员说清楚，虽然经过于了商毅的一再启蒙，但海洋意识的提高，不是一天两天就能做到，李格非或许能够理解商毅的用意，但其他三个人仍然还是把菲律宾看作一个海外偏邦，现在能让他们接受保护海外华人这个观念，就是很大的进步了。因此商毅也懒得和他们详细说明，先把菲律宾占领再说吧。
但在商毅的后宫里，亚莉桑徳拉却非常付责任的告诉其他人，这一次商毅之所以一定要亲自出马，是因为他一定掂记着那个女海盗，估计这次商毅回来，后宫里又应该增加一名姐妹了。当然亚莉桑徳拉漏密的代价是，在丰臀上挨了商毅重重的一巴掌。也惹得其他的妻妾们哄堂一笑。
尽管亚莉桑徳拉是很想和商毅一起出战，但刚刚生完女儿，己经成为母亲的亚莉桑徳拉不可能把女儿仍在家里，自己跑去参加战斗。而且亚莉桑徳初为人母，对这个女儿也十分疼爱，因此这次不用商毅说，就十分自觉的留在家里照顾女儿。
同时商毅也决定这一次战斗，西班牙雇佣军团也全部留下来，因为他们都是西班牙人，上了战场很难保证不会有人通敌，为了万全起见，全都留在中国。不过商毅仅仅只带了安徳烈，阿尔维斯和莫亚三个人随自己一起出战，安徳烈是商毅的亲卫队队长，又是小舅子，可以完全信任。而阿尔维斯和莫亚都曾是菲律宾的西班牙军军官，他们一同前往的主要作用不是作战，而是充当商毅的顾问。
而亚莉桑徳拉虽然不能亲自出战，但她也仍然尽自己的全力帮助商毅，她毕竟曾是西班牙驻菲律宾的高级军官，对菲律宾的驻守情况，西班牙军的兵力分布，以及关隘港口，以及各土著的战斗力，土著和西班牙殖民者之间的关系，土著与土著之间的关系等等事情都十分了解，也向商毅做了详细的说明。同时也对登岸、进军路线，攻城的方法等等，也都提出了自己的意见，供商毅参考。
就这样时间也到了七月下旬，商毅也准备离开南京，在杭州登船出发。
但就在商毅动身的前一天，李格非忽然赶来向他报告，英国东印度公司又派出了一个代表团，来到中国，想求见商毅，这时他们己经在杭州登岸，住进设在杭州的英国商馆里。
上次英国东印度公司的代表布莱克来到中国，己经是三年多以前的事情了，不过在这个时代中西交流，基本都是以年为单位的，因此现在才第二次来中国，也并不奇怪。
商毅得知以后，立刻命人快马赶到杭州，通知英国东印度公司代表团，自己将在到达杭州以后，接见他们。
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